Река Шепси берёт начало на горе Б. Псеушхо хребта Псеус с южного склона Большого Кавказского хребта и впадает в Чёрное море у курортного посёлка Шепси. Длина реки 22 км, площадь водосбора 87 км2. Имеет несколько притоков: Алмалук – берёт начало в урочище Гочиштепе; Тиссовая – берёт начало у горы Чёрная Круча в урочище Псеус.
Долина реки в нижнем течении плоская, ровная, покрыта лесом, живописны ущелья. Ширина долины у устья до 1 км, в верховье – до 200 метров. В долине реки много валунов. Склоны долины имеют значительную крутизну, много обрывов, уступов.
Режим реки паводковый, т. е. после сильных и продолжительных дождей реки полноводны и бурны.